Al sur de Egipto, en la región llamada Nubia y en las cercanías de Asuán, existe una isla situada en el centro del Nilo denominada hoy Isla de Philae ("Isla del tiempo de Ra" para los antiguos egipcios). En esta isla se erige un templo dedicado a la diosa Isis (o Hathor) y era, en tiempos de las cruzadas, el único emplazamiento en donde se seguían realizando los antiguos cultos de los tiempos del Egipto faraónico.

Cuenta la leyenda que Caballeros Templarios navegaron el Nilo en una de sus incursiones por el país y alcanzaron esta isla. Seducidos por la hermosura del lugar, por la paz y la espiritualidad que emanaba, y por la belleza del culto a la antigua diosa, se sintieron tan atraídos por él, que lo adoptaron y lo adaptaron a sus propias creencias. Desde la instauración del Temple empezaron a proliferar imágenes de vírgenes negras, como evocación a la ancestral diosa madre-tierra Isis. La Iglesia ha tratado de ignorarlas con excusas o simplemente pintándolas de blanco.

El problema que se encontraron los Templarios era que la adoración de una deidad pagana suponía una herejía, por lo que se enfrentaban a graves sanciones y penas en caso de ser descubiertos.Esto obligó a los miembros del Temple a ser muy ingeniosos. Sabedores de que no podían equiparar a Isis con la Virgen María, ya que no podían existir dos vírgenes, decidieron inventar la figura de "Nuestra Señora de..." y adorar a la diosa egipcia bajo la imagen de una "virgen negra", apariencia que se ha mantenido hasta nuestros días y cuyo culto, bajo distintos "Nuestra Señora", se haya aún vigente en muchos lugares de la geografía europea, como la Notre Dame de París. De esta forma, los Templarios consiguieron llevar adelante su culto y "meterle un gol por la escuadra" a la Iglesia Católica, incapaz de descubrir el sutil engaño. Esto, claro está, es lo que dice la leyenda.Otra teoría dice que las vírgenes negras fueron utilizadas por el Temple para difundir el culto a la Magdalena, que para ellos sería la madre del linaje de Jesús. Este, por tanto, habría tenido descendencia, y la misión de la Orden sería encontrarla, ya que para los Templarios, un descendiente directo de Jesús de Nazaret, sería el heredero real del trono de Jerusalén. Los defensores de esta teoría argumentan que los reyes merovíngeos eran los descendientes sanguíneos de la pareja, y que en los Evangelios se habla de los hermanos de Jesús (Marcos, Mateo 13.55-56 y Lucas 8.19-21). Defienden que el Jesús histórico no tuvo nada que ver con el divino, y que al igual que tuvo hermanos, también habría podido tener hijos. Curiosamente, en los lugares donde se encuentra una virgen negra aparece una evocación a la María Magdalena, a los hermanos de Jesús o a santos que difícilmente encajarían en la historia real, por lo que el enigma sigue abierto.